Équipement
Le synthétiseur à oligonucléotides PolyPlex 2 permet de produire très rapidement 96 oligonucléotides (ADN ou ARN) simultanément. Compte tenu d'un de cycle de 10 minutes, une plaque de 25-mers, par exemple, est prête en 4 heures environ.
Ci-dessous : exemple type de la qualité des oligomères d'ADN telle que le révèle l'analyse par spectrométrie de masse par électronébulisation. .
Le fabricateur de micropuces OmniGrid 100 utilise une tête d'impression à 48 aiguilles et des aiguilles d'impression contact Telechem Stealth . Il permet d'imprimer simultanément jusqu'à 100 lames avec des échantillons biologiques. Le robot Server Arm 3 manipule automatiquement jusqu'à 72 plaques (généralement des plaques à 96 et 384 cupules) dans une enceinte à humidité contrôlée.
Ci-dessous : exemple de puce oligonucléotidique 15 k produite par le CMA. L'Institut atlantique de recherche sur le cancer (IARC) utilise ce type de micropuce dans le cadre de ses recherches sur le cancer du sein.

Ci-dessous : le lecteur de micropuces GenePix 4000B d'Axon Instruments offre une définition de 5 µm à partir de deux lasers de 532 nm et 635 nm de longueur d'ondes.

Ci-dessous : le robot de manipulation de liquides Precision 2000 pour transferts 96-96, 96-384 et 384-384. Utilisé pour la préparation de plaques à 384 cupules servant de source d'impression de micropuces.
Autres équipements du Centre de micropuces de l'Institut atlantique de recherche sur le cancer
- Système d'acquisition d'image Syngene ChemiGenius 2 ;
- Systèmes à vide ThermoSavant SPD SpeedVac et UVS400;
- Spectromètre de lecture de plaques Molecular Devices SpectraMax 384Plus;
- Laboratoire de PCR Perkin-Elmer et Eppendorf;
- Appareil à PCR-CDNA Cepheid SmartCycler II.
BIO-INFORMATIQUE
Vous trouverez ci-dessous une liste de logiciels et de bases de données jugés très utiles :
Logiciels
Conception de séquences : ArrayDesigner 3.0 (Premier Biosoft); logiciel maison de Bioperl.
Prétraitement : GenePix Pro 5.0 (Axon Instr.); SpotReader (Niles Scientific).
Bases de données et analyse : Acuity 3.0 (Axon Instr.).
Analyse de données : Bioconductor; TMeV; BRB Array Tools et nombreux autres gratuiciels spécialisés.
Analyse des voies de passage : GenMapp.
Bases de données
RefSeq sert à la conception et à l'identification de séquences pour les micropuces d'oligonucléotides humains 15 k du CMA.
Les puces Isoform sont conçues à partir de la base de données Ensembl (information sur l'exon) et du logiciel maison Bioperl (avec sim4).
Les puces Salmon sont conçues à l'aide de séquences tirées des résultats du Projet de recherche génomique sur le saumon de l'Atlantique.
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