Atlantic Microarray FacilityInstitut atlantique de recherche sur le cancer
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Équipement

          Le synthétiseur à oligonucléotides PolyPlex 2 permet de produire très rapidement 96 oligonucléotides (ADN ou ARN) simultanément. Compte tenu d'un de cycle de 10 minutes, une plaque de 25-mers, par exemple, est prête en 4 heures environ.

 

 

 

 

Ci-dessous : exemple type de la qualité des oligomères d'ADN telle que le révèle l'analyse par spectrométrie de masse par électronébulisation. .

 

 

Le fabricateur de micropuces OmniGrid 100 utilise une tête d'impression à 48 aiguilles et des aiguilles d'impression contact Telechem Stealth . Il permet d'imprimer simultanément jusqu'à 100 lames avec des échantillons biologiques. Le robot Server Arm 3 manipule automatiquement jusqu'à 72 plaques (généralement des plaques à 96 et 384 cupules) dans une enceinte à humidité contrôlée.  

 

Ci-dessous : exemple de puce oligonucléotidique 15 k produite par le CMA. L'Institut atlantique de recherche sur le cancer (IARC) utilise ce type de micropuce dans le cadre de ses recherches sur le cancer du sein.

 

Ci-dessous : le lecteur de micropuces GenePix 4000B d'Axon Instruments offre une définition de 5 µm à partir de deux lasers de 532 nm et 635 nm de longueur d'ondes.

 

 

Ci-dessous : le robot de manipulation de liquides Precision 2000 pour transferts 96-96, 96-384 et 384-384. Utilisé pour la préparation de plaques à 384 cupules servant de source d'impression de micropuces.

 

 

Autres équipements du Centre de micropuces de l'Institut atlantique de recherche sur le cancer

  • Système d'acquisition d'image Syngene ChemiGenius 2 ;
  • Systèmes à vide ThermoSavant SPD SpeedVac et UVS400;
  • Spectromètre de lecture de plaques Molecular Devices SpectraMax 384Plus;
  • Laboratoire de PCR Perkin-Elmer et Eppendorf;
  • Appareil à PCR-CDNA Cepheid SmartCycler II.

 

BIO-INFORMATIQUE

Vous trouverez ci-dessous une liste de logiciels et de bases de données jugés très utiles :

Logiciels 

Conception de séquences : ArrayDesigner 3.0 (Premier Biosoft); logiciel maison de Bioperl. 
Prétraitement : GenePix Pro 5.0 (Axon Instr.); SpotReader (Niles Scientific). 
Bases de données et analyse : Acuity 3.0 (Axon Instr.). 
Analyse de données : Bioconductor; TMeV; BRB Array Tools et nombreux autres gratuiciels spécialisés. 
Analyse des voies de passage : GenMapp.


Bases de données

RefSeq sert à la conception et à l'identification de séquences pour les micropuces d'oligonucléotides humains 15 k du CMA. 
Les puces Isoform sont conçues à partir de la base de données Ensembl (information sur l'exon) et du logiciel maison Bioperl (avec sim4). 
Les puces Salmon sont conçues à l'aide de séquences tirées des résultats du Projet de recherche génomique sur le saumon de l'Atlantique

 

 

 

Copyright © 2007 Centre de micropuces de l'Atlantique